يتكون الهيكل الإداري للأمانة العامة لمجمع الفقه الإسلامي الدولي كالتالي:
- ديوان معالي الأمين العام للمجمع، ويتبعه مباشرة المستشار الخاص لمعالي الأمين العام، والمشرفة على ديوان معالي الأمين العام، والمراقب الداخلي.
- إدارة شؤون الديوان والمراسم والشؤون القانونيَّة، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون الديوان، وقسم شؤون المراسم والحركة، وقسم الشؤون القانونيَّة.
- إدارة التخطيط والتطوير والتعاون الدوليِّ والأرشيف والمتابعة، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم التخطيط والتطوير، وقسم التعاون الدولي والعلاقات الخارجية، وقسم الأرشيف والمتابعة والتقويم.
- إدارة شؤون الأسرة والمرأة والطفولة والمُسنِّين، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون المرأة، وقسم شؤون الشباب والطفولة، وقسم شؤون المسنِّين وذوي الاحتياجات الخاصَّة.
- إدارة الشؤون الإداريَّة والماليَّة، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الشؤون المالية والمحاسبة، وقسم الشؤون الإدارية والتدريب، وقسم المستودعات.
- إدارة الإعلام والعلاقات العامَّة وتقنية المعلومات والاتصال، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الإعلام، وقسم العلاقات العامَّة، وقسم تقنية المعلومات والاتصال.
- إدارة شؤون التمويل والاستثمار والمشاريع، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون الوقف، وقسم التمويل والاستثمار، وقسم المشاريع.
- إدارة البحوث والدراسات والموسوعات والترجمة والطباعة، ويندرج تحتها أقسام أربعة، وهي: قسم البحوث والدراسات، وقسم الموسوعات والمعاجم، وقسم الترجمة، وقسم الطباعة والنشر.
- إدارة الدورات والمؤتمرات والندوات، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الدورات، وقسم المؤتمرات والندوات، وقسم الورشات والمحاضرات.
- إدارة الفتوى والمراجعات والمكتبات، ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الفتوى، وقسم المراجعات، وقسم المكتبات.
ديوان معالي الأمين العام للمجمع
إدارة شؤون الديوان والمراسم والشؤون القانونيَّة
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون الديوان، وقسم شؤون المراسم والحركة، وقسم الشؤون القانونيَّة.
إدارة التخطيط والتطوير والتعاون الدوليِّ والأرشيف والمتابعة
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم التخطيط والتطوير، وقسم التعاون الدولي والعلاقات الخارجية، وقسم الأرشيف والمتابعة والتقويم.
إدارة شؤون الأسرة والمرأة والطفولة والمُسنِّين
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون المرأة، وقسم شؤون الشباب والطفولة، وقسم شؤون المسنِّين وذوي الاحتياجات الخاصَّة.
إدارة الشؤون الإداريَّة والماليَّة
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الشؤون المالية والمحاسبة، وقسم الشؤون الإدارية والتدريب، وقسم المستودعات.
إدارة الإعلام والعلاقات العامة وتقنية المعلومات والاتصال
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الإعلام، وقسم العلاقات العامَّة، وقسم تقنية المعلومات والاتصال
إدارة شؤون التمويل والاستثمار والمشاريع
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم شؤون الوقف، وقسم التمويل والاستثمار، وقسم المشاريع.
إدارة البحوث والدراسات والموسوعات والترجمة والطباعة
ويندرج تحتها أقسام أربعة، وهي: قسم البحوث والدراسات، وقسم الموسوعات والمعاجم، وقسم الترجمة، وقسم الطباعة والنشر.
إدارة الدورات والمؤتمرات والندوات
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الدورات، وقسم المؤتمرات والندوات، وقسم الورشات والمحاضرات.
إدارة الفتوى والمراجعات والمكتبات
ويندرج تحتها أقسام ثلاثة، وهي: قسم الفتوى، وقسم المراجعات، وقسم المكتبات.